ในจังหวัดพัทลุงไม่มีลำน้ำขนาดใหญ่พอที่จะจัดเป็นแม่น้ำได้ ลำน้ำส่วนใหญ่เป็นลำน้ำสายสั้น ๆ และแคบ ต้นน้ำเกิดจากภูเขาและที่สูงทางทิศตะวันตก ไหลลงสู่ทะเลสาบสงขลาทางทิศตะวันออก ไหลผ่านหมู่บ้านตำบลใดก็เรียกชื่อตามพื้นที่นั้น ๆ จึงทำให้ลำน้ำแต่ละสายมีชื่อเรียกหลายชื่อ ลำน้ำหรือคลองสายสำคัญในจังหวัดพัทลุง มีดังนี้

            - คลองปากประ เกิดจากการรวมตัวของลำน้ำสายต่าง ๆ ในเขตอำเภอควนขนุน ได้แก่ คลองท่าสำเภา คลองมะกอกใต้ และคลองปากคลอง ไหลมาบรรจบกันเป็นคลองปากประ ทางทิศใต้ของวัดวิหารสูงในบริเวณบ้านมะกอกใต้ ตำบลชัยบุรี อำเภอเมืองพัทลุง แล้วไหลออกสู่ทะเลสาบสงขลาที่หมู่บ้านปากประ ตำบลลำปำ อำเภอเมืองพัทลุง คลองสายนี้เป็นหัวใจสำคัญทางการเกษตรกรรมของชาวอำเภอควนขนุน

           - คลองป่าพะยอม ต้นน้ำเกิดจากเขาหินกลิ้งและควนหินแก้วทางทิศตะวันตกของตำบลเกาะเต่า อำเภอควนขนุน ไหลผ่านตำบลเกาะเต่า ตำบลป่าพะยอม ตำบลปันแต ไหลลงสู่พรุควนเคร็ง ในท้องที่อำเภอชะอวด จังหวัดนครศรีธรรมราช มีความยาวประมาณ 40 กิโลเมตร

           - คลองลำปำ ต้นน้ำเกิดจากเทือกเขานครศรีธรรมราชทางด้านทิศตะวันตกของจังหวัด โดยการรวมตัวของลำน้ำสายต่าง ๆ ที่เกิดจากโตนบ้านขาม โตนเขาคราม โตนลำใน โตนนาวง ไหลมาบรรจบกันที่บ้านปากแพรก ตำบลร่มเมือง อำเภอเมืองพัทลุง ไหลผ่านตำบลร่มเมือง ตำบลบ้านนา ตำบลท่าแค ตำบลตำนาน ตำบลคูหาสวรรค์ ตำบลพยาขัน ตำบลควนมะพร้าว ไหลออกสู่ทะเลสาบสงขลา ที่ตำบลลำปำ อำเภอเมืองพัทลุง ลำคลองสายนี้เป็นหัวใจด้านการเกษตรกรรมของชาวอำเภอเมืองพัทลุง

           - คลองหานโพธิ์ ต้นน้ำเกิดจากเทือกเขานครศรีธรรมราชทางทิศตะวันตก ไหลผ่านตำบลกงหรา ตำบลชรัด ตำบลนาโหนด ตำบลหานโพธิ์ และมีคลองขุดแยกจากคลองหานโพธิ์ทางทิศเหนือของวัดหานโพธิ์ ตำบลหานโพธิ์ อำเภอเขาชัยสน เรียกว่า “คลองขุด” คลองหานโพธิ์ไหลไปออกทะเลสาบสงขลาที่บ้านสทัง ตำบลหานโพธิ์

           - คลองท่ามะเดื่อ (คลองบางแก้ว) ต้นน้ำเกิดจากเทือกเขานครศรีธรรมราชทางทิศตะวันตกของกิ่งอำเภอตะโหมด โดยการรวมตัวของคลองหลายสาย คือ คลองเหมืองตะกั่ว คลองตะโหมด คลองหัวช้าง และคลองโหล๊ะจังกระ ไหลมารวมกันทางทิศตะวันตกของตำบลแม่ขรี กิ่งอำเภอตะโหมด ไหลผ่านตำบลตะโหมด ตำบลแม่ขรี ตำบลเขาชัยสน ตำบลท่ามะเดื่อ ตำบลนาปะขอ ไหลออกสู่ทะเลสาบสงขลาที่บ้านบางแก้ว ตำบลจองถนน อำเภอเขาชัยสน

           - คลองพระเกิด ต้นน้ำเกิดจากเขาคลองโลนทางทิศตะวันตกของตำบลป่าบอน กิ่งอำเภอป่าบอน ไหลผ่านตำบลป่าบอน ตำบลหารเทา ตำบลฝาละมี ไหลออกสู่ทะเลสาบสงขลาที่บ้านพระเกิด ตำบลฝาละมี อำเภอปากพะยูน
นอกจากลำคลองแล้ว ยังมีแหล่งน้ำที่สำคัญ 2 แห่ง คือ

           - ทะเลสาบสงขลา เป็นทะเลสาบน้ำจืดที่ตั้งอยู่ในเขตจังหวัดพัทลุงและจังหวัดสงขลา มีเนื้อที่ประมาณ 1,040 ตารางกิโลเมตร หรือประมาณ 616,750 ไร่ มีความกว้าง 20 – 25 กิโลเมตร ยาวประมาณ 78 – 80 กิโลเมตร ทะเลสาบสงขลาแบ่งออกเป็น 2 ตอน คือ ทะเลสาบตอนใน และทะเลสาบตอนนอก ทะเลสาบตอนในทางราชการเรียกว่า “ทะเลหลวง” อยู่ในเขตอำเภอเมืองพัทลุง อำเภอเขาชัยสน อำเภอปากพะยูน จังหวัดพัทลุง และอำเภอระโนด อำเภอสทิงพระ กิ่งอำเภอกระแสสินธุ์ และบางส่วนของอำเภอเมืองสงขลา จังหวัดสงขลา เป็นแหล่งการประมงที่สำคัญของชาวพัทลุง ในทะเลสาบตอนในมีเกาะใหญ่ ๆ ที่มีฐานะเป็นตำบลได้แก่ เกาะหมาก เกาะนางคำขึ้นอำเภอปากพะยูน และเกาะใหญ่ขึ้นกิ่งอำเภอกระแสสินธุ์ นอกจากนี้ก็มีหมู่เกาะที่เป็นแหล่งเก็บรังนกนางแอ่น คือ หมู่เกาะสี่เกาะห้า ขึ้นกับตำบลเกาะหมาก อำเภอปากพะยูน ส่วนทะเลสาบตอนนอกอยู่ในเขตจังหวัดสงขลา

           - ทะเลน้อย เป็นแหล่งน้ำหรือบึงขนาดใหญ่ ตั้งอยู่ทางทิศเหนือของทะเลสาบสงขลาตอนใน อยู่ในเขตอำเภอควนขนุน มีคลองยวนและคลองนางเรียมเชื่อมติดต่อกับทะเลสาบสงขลา มีพื้นที่ประมาณ 17,000 ไร่ มีความกว้างประมาณ 5 กิโลเมตร ยาวประมาณ 6.50 กิโลเมตร บริเวณทะเลน้อยเป็นแหล่งที่อุดมสมบูรณ์ด้วยพันธุ์สัตว์น้ำนานาชนิด เช่น ปลาดุก ปลาลำพัน ปลาช่อน ปลาไหล เป็นต้น และยังเป็นแหล่งที่อยู่อาศัยของนกน้ำนานาชนิด เช่น นกเป็ดน้ำ นกเป็ดผี นกเป็ดแดง นกกาบบัว นกอีโก้ง นกกระสาแดง นกยางโทน เป็นต้น ด้วยเหตุนี้เองทางกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ได้ประกาศให้พื้นที่ทะเลน้อยประมาณ 50 ตารางกิโลเมตรซึ่งครอบคลุมถึงตำบลเคร็ง อำเภอชะอวด จังหวัดนครศรีธรรมราช ตำบลทะเลน้อย ตำบลพนางตุง อำเภอควนขนุน จังหวัดพัทลุง และตำบลตะเครียะ อำเภอระโนด จังหวัดสงขลา เป็นเขตห้ามล่าสัตว์เมื่อวันที่ 7 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2518 ได้ตั้งสำนักงานอยู่ริมทะเลน้อย ตำบลพนางตุง ปัจจุบันได้พัฒนาเป็นเขตอุทยานนกน้ำบ้านทะเลน้อย อำเภอควนขนุน จังหวัดพัทลุง